Guanidiini tiotsüanaati kasutatakse biomeditsiini, keemiliste reagentidena jne.Seda saab kasutada kaotroopse ainena ja denatureeriva ainena rakkude denatureerimiseks ja lõhustamiseks, RNA ja DNA ekstraheerimiseks ning DSSC adsorbendina, et parandada DSSC konversioonikiirust.